Сергей Игнатов поема министерството на образованието в служебния кабинет.
Историкът-египтолог, смятан за основател на египтологията в България, вече е заемал този пост в първото правителство на Бойко Борисов, когато ръководеше образованието от 19 ноември 2009 г. до 6 февруари 2013 г.
През август 2009 г. Игнатов е назначен за заместник-министър на образованието, младежта и науката. На 19 ноември 2009 г., след избирането на Йорданка Фандъкова за кмет на Столичната община и освобождаването ѝ от поста министър на образованието, младежта и науката, за министър е избран Сергей Игнатов.
На 28 януари 2013 г. премиерът Бойко Борисов му поисква оставката във връзка с извършената от Главния инспекторат на Министерския съвет проверка във Фонд „Научни изследвания“ и свързаните с нея констатации и препоръки за подобряване на работата на фонда. Игнатов депозира молбата си за напускане на поста и тя е приета веднага.
Проф. Игнатов е първият българин, избран за ректор на европейски университет – Европейския университет за хуманитарни науки във Вилнюс, считано от 1 март 2018 г. Понастоящем е ректор на EHU, професор по египтология в Нов български университет и ръководител на Българския институт по египтология. Специалист е по ориенталистика (странознание на Азия и Африка) и води курса „Идеята за държавност“ в департамент „Национална и международна сигурност“ на НБУ.
Игнатов е член на Friends of Europe, член на Настоятелството на South-East European Research Centre (SEERC), както и член на Настоятелството на Нов български университет. През май 2006 г., във връзка с предстоящите през октомври същата година президентски избори, той е предложен от ВМРО за кандидат за президент на десните. По-късно за десен кандидат е избран Неделчо Беронов, който получава 10% от гласовете.
